در آینده دور تمدن انسان ها کاملاً با تکنولوژی در هم آمیخته شده و شهرها تمام خودکار شده اند. تا اینکه یک ویرویس باعث نقص فنی در این سیستم می شود و جوامع انسانی را رو به انقراض می‌برد...
کاگیاما شیگئو ملقب به آ.کی.آ اوباش یک رتبه ی هشتمی در استفاده از توانایی های ذهنی و روانی! او از کسایی بود که وقتی بچه بود میتونست قاشق خم کنه و با قدرت ذهنش اشیاء را جا به جا کنه اما کم کم دیگه از قدرت هاش استفاده نکرد چون نمیخواست جلوی دید منفی مردم بیشتر از این قرار بگیره و در حال حاضر تنها چیزی که میخواست دوست شدن با دختری به اسم تسوبومی بود یکی از همکلاسی هاش! با تمام توانی که برای پوشوندن قدرتش از همه گذاشته بود مثل هر روز به زندگی روزمره ی خودش ادامه می داد و سعی می کرد در راه هدفش حرکت کنه!!
هیناتا شویو بعد از دیدن مسابقات والیبال کشوری از طریق تلویزیون، علاقه ناگهانی به والیبال پیدا میکنه و عضو تیم والیبال مدرسه راهنمایی‌شون میشه اما تیم راهنمایی شویو بعد روبرو شدن با تیمی که بازیکنی عالی به نام کاگیاما توبیو داره، شکست میخوره و حذف میشه. شویو بعد از شکستی که میخوره، به هیچ وجه علاقه و امید خودشو به والیبال از دست نمیده و حتی برعکس تصمیم میگیره از کاگیاما انتقام بگیره اما وقتی که وارد دبیرستان میشه، با هم مدرسه‌ای بودن و هم باشگاهی بودن خودش با کاگیاما توبیو روبرو میشه
چگونه این پسر جوان به دزد جنتلمن معروف «لوپین سوم» تبدیل شد؟ لوپین زیرو که بر اساس لوپین جوان III از مانگای اصلی ساخته شده است، داستانی نوستالژیک و در عین حال کاملاً جدید را روایت می‌کند و در نهایت حجابی را که بر آغاز فروتنانه لوپین III وجود داشت، از بین می‌برد. این انیمه در دورانی اتفاق می‌افتد که در آن سری اصلی برای اولین بار منتشر شد، لوپین سوم جوان را در حال دویدن در خیابان‌های دهه 1960 ژاپن در دوران شکوفایی اقتصادی این کشور به تصویر می‌کشد. پسر جوانی از پله ها بالا می رود و به سمت شرارت می رود. چه فکری می کرد و چه قدم هایی برداشت؟ این داستان ناگفته پیدایش بزرگترین دزد جهان است.
